Kirchenaustritt rückwirkend möglich? ELSTAM Anmeldung nicht funktioniert

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Hallo Ihr Lieben!
Folgendes Problem.
Wir haben ein Einzelunternehmen betreut, welches von Angestellten als GmbH ab Januar fortgeführt wurde. Ich habe die Ummeldung der Arbeitnehmer auch veranlasst, was offensichtlich nicht funktioniert hat, sodass nur die Abmeldung per Elstam aus dem Einzelunternehmen zum 31.12. erfolgte.
Das ist bisher leider auch nicht weiter aufgefallen.
Nun wollte ein AN aus der Kirche austreten und nach einigen Wochen rief der AN beim Finanzamt an und es wurde festgestellt, dass kein Arbeitgeber hinterlegt ist und der Kirchenaustritt nicht erfolgen kann.

Also habe ich über Mitarbeiter>Elektronische Lohnsteuerkarte die AN angemeldet. 
Das ging leider aber nicht rückwirkend ab Januar, sondern nur ab dem aktuellen Tag im Juli.

Nun ist die Frage, ob der AN für die Monate seit Antragsstellung (April) die Kirchensteuer zahlen muss oder ob das noch zu ändern geht?

Ein weiteres ärgerliches Phänomen ist, dass die AN jetzt alle angemeldet sind (weiß ich weil ich mit dem Amt telefoniert habe), ich auch die Rückmeldungen vom Finanzamt bekomme (Kirchenaustritt, Änderung Lohnsteuererklassen etc.), ABER das Rechenzentrum immer noch rückmeldet, dass die Anmeldung nicht möglich sei.

Für eure Hilfe vorab schon einmal ein Dankeschön!

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Hallo,

rechtlich können wir Sie leider nicht beraten.

Nehmen Sie bitte Kontakt zur zuständigen Finanzbehörde auf, um zu klären, welche Steuerabzugsmerkmale im jeweiligen Abrechnungsmonat gültig waren und lassen Sie sich diese am besten auch schriftlich bestätigen - für den Fall einer Prüfung.

Grundsätzlich können Sie im Programm die Stammdaten bezüglich der Steuer unter Personaldaten | Steuer | Steuerkarte (auch rückwirkend) händisch anpassen.

Sollten Sie weiterhin Fehlermeldungen bezüglich des ELSTAM-Verfahrens in LODAS erhalten, setzen Sie sich gerne über einen unserer weiteren Servicekanäle mit uns in Verbindung, damit wir uns den Sachverhalt einmal näher ansehen können.