Sehr geehrte Frau Voots!
Die beiden Steuernummern sind der zivilrechtlichen Eigenart der atypisch stillen Gesellschaft geschuldet, weil diese nur im Innenverhältnis existiert, also rechtlich nicht nach außen auftritt.
Der Inhaber des Handelsgewerbes (die GmbH) haftet nicht für die Einkommensteuer der atyp. st. Gesellschafter, muß aber die GuE-Erkl. abgeben. Für diesen Teil erteilt das Finanzamt die eine Steuernummer.
Die Gewerbesteuer entsteht zwar für den Gewerbeertrag der atyp. st. Ges.. Für diese Steuer haftet der Inhaber des Handelsgewerbes aber der jeweiligen Gemeinde. Für die Gewerbesteuer wird daher eine eigene Steuernummer erteilt.
Umsatzsteuerlich tritt die atypisch stille Gesellschaft als Innengesellschaft gar nicht auf. Die Verfügungsmacht verschafft der Inhaber des Handelsgewerbes. Also ist die Umsatzsteuererklärung unter der Steuernummer des Inhabers abzugeben.
Diese Ausführungen erklären nur, warum es die vielen Steuernummern gibt, beantworten aber nicht Ihre organisatorische Frage, wie die unterschiedlichen Steuernummern automatisch in die Erklärungsformulare eingelesen werden können. Dazu fällt mir nur ein, eine der Erklärungen (Gewerbesteuererklärung) manuell mit der Steuernummer zu versehen. In den folgenden Veranlagungszeitraum wird sie ja - wenn man beim Stammdatenabgleich daran denkt - automatisch vorgetragen (kleiner Trost).
Die Umsatzsteuererklärung ist ohnehin unter der Steuernummer der GmbH abzugeben.
Mit freundlichem Gruß
M. J. Foerster
