Ich hatte bisher ein einziges mal einen 'fachlichen Fehler'. Glaub man konnte noch im Prüftool relativ schnell ergründen, worums ging. (nix relevantes) Hab ich auch schon wieder vergessen, die Meldung behalt ich aber noch ne Weile 
Ich habe die Weisheit nicht mit Löffeln gefressen und bin sicherlich kein Datenbankspezialist - daher bitte meinen folgenden Beitrag nur als Meinung werten:
1) Ein fachlicher Fehler ist ein Fehler, wo in der Datenbank Dinge durcheinandergeraten sind. D.h. dass inhaltlich Dinge in die Datenbank geraten sind, die so eigentlich nicht innerhalb normaler Parameter dort hätten landen dürfen. Also inhaltliche Inkonsistenzen. Ich wüsste nicht, warum ein SQL-Server bei fachlichen Fehlern ein Problem mit einer Datenbank bekommen sollte. Als Anwender stoßen Sie evtl eher auf Probleme, wie Sie es ja auch beschreiben: Dinge ausgegraut, die vielleicht nicht ausgegraut sein sollten etc. Da müssen Sie im Einzelfall prüfen, ob Sie beim betroffenen Mandanten mit dem jeweiligen Fehler leben können.
2) Fehler in der alten KR-Datenbank: gibt es bei Ihnen Bestände, die nicht umgestellt sind? Siehe Herrn Hofmeisters Frage... Wenn nein: die ganze Datenbank ist für Sie im Zweifel uninteressant. Wenn ja: siehe 1) Der Zug ist bald aber auch abgefahren... Sind die Bestände im RZ gesichert, so es denn welche gibt? Wie gesagt, da lohnt wohl der Aufwand nicht.
3) So "schön" die Community ist: es ist manchmal nicht verkehrt, die DATEV zu konsultieren. Auch wenn im Infodokument mit der ISWL "gedroht" wird, bin ich der Meinung, dass Sie erst einmal nett und höflich nachfragen sollten, wie es zu derlei Inkonsistenzen kommen kann und warum eine Reorganisation keine Abhilfe bringt. Denn sofern Sie keinen Zugriff auf die SQL-Datenbank haben, ist das eigentlich nicht ok und m.E. Sache der DATEV (getreu der alten Weisheit: "wer die Suppe eingebrockt hat, muss sie auch wieder auslöffeln"). Ich könnte mir vorstellen, dass Sie Hilfe erhalten, wenn Sie mit konkreten, konstruktiven Fragen höflich an DATEV herantreten: Mandant X, Fehler Y: warum ist das Feld ausgegraut? Warum bereinigt die Reorganisation diese offensichtlich korrupten Stammdaten nicht etc.? Was ist zu tun?
Eine pauschale Antwort an dieser Stelle fällt mir schwer, weil Sie letztlich beurteilen müssen, wie wichtig die betroffenen Daten sind, ob Sie bspw. im RZ Sicherungen haben etc. Stundenlanges Grübeln ist sicherlich die teuerste aller Varianten und die Mühe nicht wert...
Auch bei den schwarzen mIDentitys gibt es unterschiede. "Damals" gab es irgendwann mal ein neueres Modell mit einem verbauten Wiederstand. Das genaue Alter dürfte wohl nur das LC über die Seriennummer des Sticks rausbekommen.
"Damals" konnte man die Probleme meine ich durch zwischenschalten eines aktiven USB Hubs umgehen. Ob das immer noch geht, keine Ahnung.
Manchmal hilft der "Gesamtbasis-Test", manchmal der Neustart des "SmartCard Dienst" oder des SEH UTN Dienst. Manchmal auch alles drei. Häufig bleibts beim Server Neustart oder des Umstecken am USB Port des UTN.
Software und Firmware des myUTN sollten up2date sein und der SEH Client am Server auch.
Wenn es zu extrem wird, würde ich ggfs. einfach einen UTN50a und einen neuen mIDentity bestellen bzw. den BS mIDentity mit dem zueltzt gekauften mIDentity tauschen. Dürfte "günstiger" sein, wie andauernde Ausfälle.
Wie viele UTN50/50a im Einsatz sind? Viele 