Hallo,
Ihnen kann besser geholfen werden, wenn Sie das Lohnprogramm angeben. Sinnvoll ist die Ergänzung in der Überschrift. Sie können das auch noch nachträglich vornehmen, in dem Sie auf der rechten Seite über "Bearbeiten" die Überschrift ändern.
Der Kollege wird auf sein Geld nicht verzichten wollen 😉
Sie können ihn ja mal fragen, dass wäre der einfachste Weg. 
2016
Die Lohnsteuer ist im aktuellen Jahr zu erheben, also können Sie die gesamte Summe als sonstige Bezüge besteuern.
Die Beiträge zur Sozialversicherung müssen Sie jedoch dem jeweiligen Nachberechnungsmonat zuordnen, so dass Sie das nur manuell berechnen können. Mit Lovor können Sie die SV-Beiträge ermitteln und vom Auszahlungsbetrag in Lohn und Gehalt abziehen. Melden müssen Sie die Beiträge und auch die DEÜV-Meldungen leider über SV-Net.
Bitte beachten Sie, dass auch die Beiträge aus 2016 nicht in der Lohnsteuerbescheinigung 2018 aufgenommen werden, so dass diese Beiträge nicht maschinell bescheinigt werden können. Grundsätzlich müssten Sie die Lohnsteuerbescheinigung 2018 somit manuell datenübermitteln. Hier würde ich vielleicht mal in Erfahrung bringen, ob diese Beiträge nicht vielleicht schriftlich gemeldet werden können und so zur Einkommensteuererklärung 2018 genommen werden können.
2017
In Lohn und Gehalt wäre grundsätzlich eine Nachberechnung für die Monate 01/17 bis 04/17 möglich. So das hier kein manueller Aufwand erstehen würde. Da hier aber Besonderheiten beim Kopieren von Mitarbeitern und Wiedereintritten gegeben sind, müsste das genau geprüft werden.
Viele Grüße
T. Reich
